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InterSubMod 解釋中心

把各研究任務的敘述與邏輯，轉成分層、配圖、嚴謹定義的解釋頁，讓有實驗室背景的讀者全面理解。每個概念一頁，重點先行、細節折疊。這頁是入口與導覽。

L0 一眼看懂這個研究在做什麼

用 ONT 長讀在單一 read 上同時讀到 candidate somatic 突變 + 單倍型 + 甲基化，研究 LOH 如何重塑 haplotype 結構，並誠實界定甲基化可做的 characterization，以及已測 variant-filter formulation 的 negative evidence；materially new、經 audit 的假說仍可重開。

▸ 給 PI 一句話：目前證據包含對已測 formulation 的多個 convergent negative tests（甲基 filter）+ phasing 候選脊柱（Grade B+）+ ASM copy-confounded 支撐；不是不可推翻的 universal negative，也不建立 cellular clone truth。

● 讀本站的 4 條鐵則
  1. 「具名 scope 有 allele-associated methylation」≠「能判別 TP/FP」——兩個 claim 永遠分開講。
  2. HP-axis（HP1 vs HP1-1）是 project-specific somatic-conditioned comparison，可減少部分 context confound；ALLELE-axis（ALT vs REF）易混入 germline het baseline。兩者都不是 confound-free／causal 軸。
  3. 絕對 AUC 系統性膨脹（germline het null median 0.974）；引相對 null（excess/delta）不引絕對 AUC。
  4. 甲基→TP/FP filter 的已測 formulation 為 concluded negative；重開須有 materially new hypothesis 與 pre-decision audit。同 haplotype 內 T3 亦只對已測設計為 negative。

建置進度

✓ INDEX（本頁） ✓ 背景名詞地基 ✓ ISM 方法本體 ✓ 甲基讀取與篩選 ✓ chr2:18M 局部分子狀態案例 ✓ chr2:18M 矯正 audit（權威裁決） ✓ ISM subclone pipeline 構想（9 步） ✓ 系統全景（架構 · 狀態 · funnel） ✓ ISM 部件 I/O ✓ LongLineage 部件 I/O ✓ 上游工具鏈與資料 ✓ 分析與呈現層 ✓ 操作手冊 ○ ism-vs-external ○ 四道 NEGATIVE ○ LOH-phasing 脊柱 ○ normal-anchored cis heuristic ○ methyl-phasing-assist ○ ASM 跨樣本 ○ ism-evolution

共用樣式 _assets/explain.css（改一處全站套用）· 名詞 SoT 01_background-glossary · 盤點底稿 _planning/00~04

▤ 系統架構與操作 2026-08-06 新增

上面的頁面講的是科學方法；這一組講的是系統本身 —— 有哪些部件、各自吃什麼吐什麼、現在哪些真的跑得動、以及怎麼動手跑。 給第一次接觸這套系統的人（指導教授、新進同學）看的。 每個部件標了狀態：可跑 有限制 被鎖住。

系統全景 先看這頁

五層架構圖、兩個 repo 的候選關係與 source-origin/license audit pending 邊界、誠實狀態表、7 technical datasets／6 biological IDs funnel、能與不能回答什麼。
▸ PI：技術層 technical_all_pass=true 但科學層 validation_evidence_eligible=false —— 系統在機器欄位層級就把「跑通」與「可用」分開。
看全景 →

InterSubMod 部件 可跑

3 個必填輸入、8 個內部階段、17 種輸出檔（附真實 header 與資料行）、3 條實跑驗證過的指令、9 條會靜默出錯的陷阱。
▸ 重點：tree.nwk 的葉子是 read 不是 clone；significance_summary.csv 欄數跨版本不一致，目前 199 欄含兩個元件 schema 版本，但仍沒有單一 whole-file layout version。
看 ISM 部件 →

LongLineage 部件 research preview · BLOCKED

4 個子命令的 revision-scoped 狀態、M1→M2→candidate topology 鏈、artifact 契約，以及 private candidate b9aaa12 的 frozen HCC1395 receipt（0 candidate units）。部分 kernels 曾由具名 dataset-gate 執行，不等於全部核心已驗證、production 可用或具 public 資格。
▸ 重點：P3/P4/P5/P7/P8 gates 尚未通過；blockers 並列包含 parity／validation、source-origin／license／dependency audit 與 release-safety，不可把「對照證據」稱為唯一 blocker。甲基化在該具名流程是總開關，83.9% 位點未產生配對；這也不構成 production 或 public PASS。
看 LL 部件 →

上游工具鏈與資料 7 technical datasets

Dorado / ClairS / LongPhase-S / SAVANA 各產生什麼、sidecar 格式、7 technical datasets／6 biological IDs 的實體資料、三個會讓你算錯數字的陷阱。
▸ 重點：FILTER 重校正是雙向的（救回 4,592、降級 5,528、淨 −936）；HP 有字串與整數兩種型別，用錯 parser 會靜默丟資料。
看上游 →

分析與呈現層

實際會用到的 Python 腳本、工作站 HTML 對 spec-required fields 的「缺值拒絕渲染」設計，以及這層的四個坑；它不驗證來源真實、spec 完整或科學正確。
▸ 重點：182 支腳本硬編了另一個分支的 worktree 路徑；預設 python3 版本會讓部分腳本直接崩。
看分析層 →

操作手冊 可複製指令

從編譯到跑出第一個結果的 6 個步驟，每步附驗收條件與真實輸出；常見狀況排除表。
▸ 驗收：run_tests／CTest 的 test 與 suite count 由該 commit 實際輸出動態取得；要求 0 failure、exit 0，不手抄固定數字。單點 2.9 秒僅是具名內部 fixture 的歷史 receipt，不是一般 runtime。
照著跑 →

▦ 10 條研究線（一句話 + 給 PI 重點 + tier）

每條線一張卡。狀態色：方法 POSITIVE TESTED NEGATIVE 混合。

ISM 方法本體 ★3

讀 ONT 癌症 BAM，對每 somatic 位點做甲基矩陣→read-read 距離→algorithmic clustering→指定 label 的 PERMANOVA。量 read-distance／label association，非 filter、cluster truth 或 cellular group validation。
▸ PI：量 between-molecule 距離；project-specific normal-anchored cis heuristic 只標記 cis-compatible／copy-screen-negative candidate，不證明 copy／germline／drift 已移除。
方法本體 →  甲基讀取/篩選細節 →

背景名詞地基 地基

整個專案的「語言」：read / haplotype / HP-tag / 5mC / ASM / cis / Δβ / LOH / CN 等 28 核心詞 + 統計 worked example。
▸ PI：HP-axis vs ALLELE-axis、「scope-bound association≠判別」、excess-over-null 三個定義決定所有結論能否成立。
看這頁 →

methyl-phasing-assist 混合

研究假說：測試 read-level 甲基模式能否輔助 haplotype assignment；目前沒有已驗證的 per-read rescue／correct-tag truth（V1-V12）。
▸ PI：88.5% 僅屬模擬條件下的回推結果；94% 真實 unphase reads 落在 LOH/imprinting 等困難區，不能把模擬成功率外推為 production rescue。
關聯入度最高（7）· 建議樞紐起點
待建

ism-vs-external（軸 C vs 軸 A）★3

ISM 以指定 label 與 read-distance variation／centroid separation 的 association 為主問題（軸 C），而非只算「兩組率差」（軸 A）；PERMANOVA 須合讀 PERMDISP，不能證明 unsupervised cluster truth。已測甲基 TP/FP formulation 的結果為 negative，不外推成 universal negative。
▸ PI：read-read 距離 + PERMANOVA + normal-anchored cis 是 project-specific proposed combination；novelty／priority 為 UNVERIFIED，待具日期的 systematic prior-art search 與 head-to-head comparison。
待建

四道 convergent negative tests（已測 filter formulation）★2 L4

用甲基特徵辨別 TP/FP 的已測 formulation 有多個 convergent negative tests；其 scope 與日期必須保留，不能寫成不可推翻的 universal negative。
▸ PI：pilot ΔF1=+0.00242 低於門檻 / LOSO 100% 循環 / 消融確認甲基是第 5 順位 vestigial。
待建

LOH-phasing 脊柱 B+ ★3

LOH 區突變留下「同單倍型分裂」phasing 特徵可與 germline FP 區分，但由 LOH 物理結構決定故帶 by-construction 循環。
▸ PI：LOH 內 NG=2 reads 93-99% same-hap（7/7 technical datasets；6 biological IDs，p=0.0078），但 self-ref 全基因組負控（~25-50hr）未跑 → Grade A 待決策。
待建

ASM ZAR1L/BRCA2 + 跨樣本 ★3

具名 BRCA2/ZAR1L scope 觀察到 allele-associated methylation 且有技術重現；這不證明 causal cis／tumor-acquired，而 association 與能否判別 TP/FP 也是兩件事——已測設計未形成判別器。
▸ PI：observed Δβ=−0.122、6/6 biological IDs excess>0 跨 3 癌種；但 strong-ASM 在 FP 富集 5×（OR=0.194）→ 已測設計未形成可用 filter。
待建

ASM cis + CN confound ★3

具名 scope 的 allele-associated methylation 未形成 TP/FP 判別；project-specific cis-compatible／copy-screen-negative heuristic 亦未改善已測判別，且 FP 較常符合該 heuristic。這不證明 causal cis 或 confound 已移除。
▸ PI：6 biological IDs、約 28 萬位點：TP association 顯著率 3.95% > FP 1.07%，但絕對靈敏度~4% / COLO829 TP≈FP。
待建

主軸：Subclonal Reconstruction 混合

ONT 單 read 同時讀 somatic + HP tag + 甲基，揭示 LOH 重塑 haplotype，誠實界定 characterization vs filter。
▸ PI：deliverable = 已測 formulation 的多個 convergent negative tests + 方向一致的跨樣本 phasing 訊號；脊柱 = genetic haplotagging。
待建（論文框架）

案例：chr2:18M 局部分子狀態候選 案例 L2

HCC1395 一段 LOH 區的 6 sSNV + 甲基逐步走查，展示「手動 IGV 直覺 → read-level 實測校正」。直接資料支持局部 mutation-state candidates 與分組後甲基關聯，不是已確認的 cellular clone 或 lineage tree。
▸ PI：LOH、mutation-marker 共現/互斥與部分 CpG 的跨 basecaller 技術重現獲觀察；歷史「約 3」只是特定 merge rule 的 operational labels，block 關係 unresolved，順序、完整 candidate count、clone 身分與 originating cell 皆不可由本案例確定。
先看為何可行(邏輯鏈) →  看案例走查 →  看權威 audit →  看判讀工作站 →

案例 audit：chr2:18M 權威裁決 L2

第二輪程式複核（matched-normal ASM screen + 跨 basecaller FDR）對推論 1–6 逐一裁決；這是同一生物樣本的技術/分析複核，不是獨立 biological replicate。
▸ PI：historical merge-rule 「約 3」不是現行完整 candidate count；normal-ASM-screen-negative {2.1,2.2,3.1,3.2,5.1,5.2}（3.1/3.2 技術重現最強）、confounded {3.3,3.4,3.5,4.1}；screen-negative 不證明 acquired 或 clone identity。
看權威 audit →

ISM subclone pipeline 構想 構想 · B2

從 chr2 案例萃取的 9 步候選分析流程（輸入→局部 mutation states→甲基關聯+ASM screen→候選圖）+ 3 防呆。它是構想，非已實作或已驗證的 cellular-subclone 重建器。
▸ PI：核心 = read-level linkage + homopolymer guard + matched-normal ASM screen + 只畫資料支持的候選邊；要升 validated，仍需自動化、獨立 truth、跨樣本與 CN/純度模型。
看 pipeline 構想 →

ISM 能力 vs chr2 敘述 gap 能力對照

把 chr2:18M subclone 敘述逐 claim 對到「ISM C++ as-built 在同一批位點實際算了什麼」：哪些撐得起（characterize）、哪些缺（reconstruct 骨幹）、為什麼。
▸ PI：同一 HCC1395 樣本的 3 個 sSNV 皆有 allele PERMANOVA p=0.001，屬強的 locus-specific allele-associated methylation evidence；不是 3 個獨立 replicate 或 clone validation。ISM 無 cross-SNV linkage／clone tree／corrected CCF。
看能力 vs 敘述 gap →

ism-evolution（統計口徑稽核）★3

ISM 現行版有多個統計口徑問題（Fisher 假獨立 / 5mC-only / germline 軸 Δβ 污染 / 跨 region 無多重檢定），稽核後無翻轉結論但需補修。
▸ PI：PERMANOVA 只測指定 label 與 read-distance variation／centroid separation 在置換 null 下的 association，須合讀 PERMDISP；Fisher／Cramér's V 只測 label association。read 非獨立與跨 region 無 MT 校正會讓 association 顯著率偏樂觀，不能升格為 cluster truth、cellular group 或因果。
待建（偏方法學讀者）

↘ 建議閱讀順序

依「背景先行 + 樞紐優先 + 支撐主軸」。讀到夠就停。

  1. 背景名詞地基 — 先建立語言（HP-axis / ASM / LOH / 統計詞）。→ 已建
  2. ISM 方法本體 — 主軸引擎：作用位置 + 五階段 + 為何用 read-read 距離。→ 已建
  3. ISM 甲基讀取與篩選 — 細節層：MM/ML → 矩陣、二值化灰帶、七道守門、兩種「篩選」（給教授講細節）。→ 已建
  4. chr2:18M 邏輯鏈（給完全不懂的教授） — 第一性原理走查：LOH 降低雙親本解釋 → sSNV 共現/互斥形成局部 mutation-state candidates → 遺傳分組後甲基關聯 → normal ASM screen → 帶不確定性的 read label。→ 已建
  5. 案例：chr2:18M 局部分子狀態候選 — 6 sSNV + 甲基逐步走查，並陳手動直覺與實測校正；不把局部 reads 直接升格成 cellular clone truth。→ 已建
  6. 案例 audit：chr2:18M 權威裁決 — 同一樣本的第二輪程式複核（ASM screen + 跨 basecaller FDR），把甲基分成 normal-ASM-screen-negative 與 confounded；前者不證明 acquired。→ 已建
  7. 判讀工作站：chr2:18M 互動檢視 — 6 sSNV、甲基三組、LOH、歷史 TVAF-derived 非 canonical transform 與 6 項推論裁決；該 transform 不是 CN/純度校正 CCF，也不能 corroborate clone。→ 已建
  8. ISM subclone pipeline 構想（9 步） — 從案例萃取的候選流程：輸入→read linkage→homopolymer guard→甲基關聯 + normal-ASM screen→候選圖；非已驗證重建器。→ 已建
  9. ISM 能力 vs chr2 敘述 gap — 把 chr2:18M 敘述逐 claim 對到「ISM C++ as-built 實際算了什麼」：ISM 撐 characterize 半邊（實測 allele PERMANOVA p=0.001 ×3）、缺 reconstruct 骨幹半邊（linkage/tree/CCF），並標出 SubcloneAnalyzer/TreeStructure 命名 over-claim 風險。→ 已建
  10. HP-axis vs ALLELE-axis — 全專案最易誤讀的軸別 confound（暫在名詞地基 + ISM 頁，將獨立成頁）。
  11. ism-vs-external — ISM 在業界的定位（軸 C vs 軸 A）。待建
  12. 多個 NEGATIVE tests — 只對已測 formulation、scope 與日期成立。待建
  13. LOH-phasing 脊柱 — 主軸 positive headline + 循環性（HD-1）。待建
  14. normal-anchored cis heuristic — 一項待驗證的 project-specific proposed combination，只標記 cis-compatible／copy-screen-negative candidate；在完成具日期的 systematic prior-art search 與 head-to-head comparison 前，novelty／priority 均為 UNVERIFIED，不可宣稱「唯一」或原創優先權。待建